Сюжет "Red Faction: Armageddon" разворачивается на Марсе через полсотни лет после окончания событий "Red Faction: Guerrilla", третьей игры серии. Терраформер, который регулировал климат на планете, поддерживая атмосферу, был уничтожен, что привело к дестабилизации климата до такой степени, что сделало невозможным пребывания людей на поверхности планеты. Колонисты создали разветвленную сеть подземных сооружений, куда и переселились с поверхности планеты.
Протагонистом игры является Дариус Мейсон, внук Алека Мейсона и Саманьи. Дариус работает в Бастионе, подземном центре колонистов. Он занимается всякой опасной для жизни работой, включая рейды по обезображенной и разрушенной поверхности планеты. Случайным образом он открывает шахту в старом храме Мародеров, что приводит к пробуждению давно спящих сил зла. Над марсианскими колонистами нависла смертельная угроза, и Дариусу вместе с Красной бригадой предстоит ее уничтожить.